东南大学计算机科学与工程学院起源于1960年创建的"解算装置及技术"专业，这个专业是我国最早建立的计算机专业之一。从专业建立当年起面向全国招收本科生，1979年开始招收"计算机应用技术"专业硕士生，1981年成立东南大学计算机科学与工程系。为适应学科建设发展的需要，经学校研究决定，于2006年成立东南大学计算机科学与工程学院。

1965年，计算机系独立研制成我国第一台数字积分机，填补国内空白；此后，又将数字积分机技术实际用于国防现代化及工业生产自动化，进行了一系列开创性工作，2项成果获1978年全国科学大会奖，1项成果获江苏省科学大会奖；1973年参加了我国100系列和200系列数字计算机的总体设计及系统软件的开发。所有这些工作，为我国计算机事业的奠基和发展做出了积极的贡献。70年代中期以后，逐步形成了数据库和信息系统、人工智能理论及其应用和计算机网络与分布式处理等具有东南大学特色和国内有影响的三大研究领域。90年代中期以后，计算机软件和理论、图象处理与科学可视化两个研究领域快速成长，形成多学科齐头并进，协调发展的态势。